Die EMK ist Teil der United Methodist Church (UMC) mit weltweit über 10 Millionen Mitgliedern.

Eine besondere Verbindung unterhält die EMK Schweiz zu den methodistischen Gemeinden in Nordafrika, Frankreich, Mitteleuropa und im Balkan, die ebenfalls zum Bischofsgebiet von Bischof Patrick Streiff gehören. Ausserdem pflegt sie freund- und partnerschaftliche Beziehungen zu Methodisten in Afrika und Südamerika sowie in Kambodscha. Connexio, das EMK-Netzwerk für Mission und Diakonie, finanziert verschiedenste Projekte in diesen Ländern.

In der Schweiz engagiert sich die EMK als verbindendes Glied zwischen Landes- und Freikirchen. Sie sucht die Zusammenarbeit mit anderen Kirchen am Ort und darüber hinaus, sei es im Rahmen der Ökumene, der Schweizerischen Evangelischen Allianz (SEA) oder des Verbandes der Freikirchen und Gemeinschaften (VFG). Sie gehört dem Schweizerischen Evangelischen Kirchenbund (SEK) und der Arbeitsgemeinschaft christlicher Kirchen in der Schweiz (AGCK) an.